刘某在政府采购工程项目招投标过程中与柳某串通招投标,通过虚增40万元的工程款,将原本预算为180万元的标底,最后以柳某借用资质的三家投标公司中,湖南新浪潮电脑公司221万元的价格中标,事后,刘某将虚增的40万元工程款占为己有。该职务犯罪事实经过一审,二审发回重审,二审后最终认定构成贪污罪。在案件办理和审判过程中主要争议焦点有两个方面,一方面,是否应当对贪污罪进行认定。控方和审判方认为即使案件客观证据搜集上存在一定的瑕疵,但是依据主观上相关的证人证言以及被告人刘某的供述中相互印证上,也能认定刘某的虚增40万工程款来贪污事实进行认定。辩方认为不能仅凭主观证据来认定刘某的虚增40万工程款的贪污事实,缺乏相关的客观证据说明该贪污罪事实不清、证据不足,不能对贪污罪进行认定。另外一方面,是否应当启动司法鉴定程序存在争议。转隶到监察机关的办案人员认为有相关的采购合同,转账记录等客观证据,并不需要再进行专业性鉴定。相对的,检察机关办案人员认为应当做相关的专业性鉴定来完善证据链。根据争议焦点和案件实际办理情况,从三个层面分析了案件对刘某政府工程招投标案件中存在的问题,并对相关的问题进行法理分析后,提出相应的司法完善建议。一是对审前阶段监检办案衔接不顺畅的问题进行分析,并提出构建监检办案协商机制的必要性及具体内容。二是针对刑事司法鉴定程序的启动难以把握的问题进行分析,提出建立专家咨询制度和加强刑事司法鉴定程序启动权制约的建议。三是对“证据确实、充分”的认定不严格进行分析,提出推动法院对案件证明标准认定的反向指引作用,以及适当运用“人工智能辅助办案系统”的司法建议。