嘉、隆、万三朝是王学最为兴盛的时期,作为一名生于该时期的士大夫,张居正也受到王学潜移默化的影响。缘于早年受到佛教的影响,王门各派中,张居正与聂豹的归寂派貌若契合。不过,张居正所讲的“心”,不同于王学所讲的伦理意义上的“良知”。张居正从王学吸取更多的是一种不避毁怨、勇于自任的入世为官的态度。而且,张居正对王学有自己独特的见解,他融入了“务实”和“修养”的概念,与聂豹所讲的归寂在思想走向上有根本不同,因此没有落入归寂派绝物弃智的虚空境地。嘉靖三十三年,张居正告假回乡,嘉靖三十九年复职。这六年在家的生活,使得张居正更加重视务实和修养的思想,开始对学术界空疏的弊端展开批判。然而,随着张居正进入政治权力中心,成为政治统治者,他对学术态度更多是从政治统治的角度出发。王守仁从祀一事最早表明了这一点。王学在王守仁身后有三种流变,第一种是随心所欲的自然主义的萌动和泛滥,导致学术从学理上冲决儒学的基本规范,消解对于规范的认真恪守;二是师道精神的复兴,这极易使得士人对官方意识形态进行挑战与批判;三是狂侠行为的活跃,使得对官方的挑战与批评思想转化为各种现实的行动。王门后学的学术精神与张居正“尊主权、一号令”的改革理念有着根本冲突。因而,张居正引入易于控制士人思想的意识形态化的官方程朱理学,展开了对王学影响下的学术界的改造。张居正改革手段由渐进转为激进,其中“夺情”是重要转折点。何心隐之死则是张居正禁学措施中的一个极端事例。