随机扩增多态性DNA（RAPD）利用一系列随机排列的寡核苷酸单链引物,以研究对象的基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过扩增产物DNA片段的多态性来检测基因组DNA的多态性。然而,由于RAPD分析重复性较差和存在假带现象,如果没有一个统一的优化条件,将导致试验结果的失真。通过对Mg²⁺、dNTP、模板浓度、引物浓度、‘Taq酶浓度等反应体系进行浓度梯度研究及对退火温度、退火至延伸时的ramp速度、循环次数等反应条件进行优化。找出本实验室条件下的链霉菌APl9-1的最佳RAPD扩增条件:扩增反应的总体积为20gl,其中包括1×buffer,3.OmM MgCl₂ 400μM dNTP,0.4m引物,2.5UT aq酶及200ng模板DNA,扩增程序为94℃预变性5分钟,94℃变性30秒,36.4℃退火30秒,72℃延伸2分钟,共40个循环,最后在70℃延伸10分钟。其中从退火到延伸的ramp时间为108秒。在获得的最佳扩增条件的基础上,利用50种RAPD随机引物对野生型菌株及紫外诱变后得到的高产菌株进行RAPD比较分析。发现引物BAO22能检测出高产菌株与野生株差异,即高产株出现了两条特异性的条带,其大小分别为480bp和570bp左右。回收特异性条带,经T—A克隆后测序,用BLAST程序在NCBI上进行比对,发现480bp左右的条带与一种产志贺毒素（shiga toxin）的大肠杆菌的毒力岛基因簇中的一段基因间序列有100%的相似性。推测此序列可能与APl9—1的抗生素相关基因的调控有关。