2017年11月9日,财政部颁发了《政府会计制度—行政事业单位会计科目和报表》,要求行政事业单位从2019年1月1日起全面实施新的政府会计制度。该制度确立了“财务会计和预算会计适度分离又相互衔接”这一会计核算模式,对科学事业单位财务核算带来了新的变化,从具体的财务账务处理到财务报表的编报。目前各单位能做好新政府会计制度衔接工作,严格落实新的政府会计制度,但在执行过程中也面临科研项目会计核算、政府综合财报编制、会计信息化水平不高及财务人员专业缺乏等问题。为了更好的了解新政府会计制度在科学事业单位实施中的问题,提出具有针对性的解决措施,本文详细分析了政府会计制度出台的背景及主要内容,新政府会计制度的前后变化情况,以及该制度在执行过程中的问题,本文选取A单位作为研究对象进行分析,以期提出适用于科学事业单位的有效对策,为科学事业单位更好应用新的政府会计制度提供参考。本文通过案例分析法,通过查阅文献、实地调研等方法,选取A单位实施新政府会计制度情况进行分析。首先对政府会计概念及政府会计主要内容进行了介绍,对新政府会计制度的理论基础进行了介绍,分析了建立权责发生制为基础的政府会计制度的必要性。其次,分析了A单位实施新政府会计制度的变化,主要是在新制度的要求下,涉及资金的业务要进行预算会计和财务会计处理,固定资产核算模式的变化以及长期股权投资的变化。最后,对A单位实施新政府会计制度的问题及对策进行了分析,主要是对科研项目会计核算、政府财务报告编制、信息化建设及会计人员专业能力缺乏等方面存在的问题进行分析,并根据上述问题提出相应的解决办法。本文通过研究A单位实施新政府会计制度前后变化,提出在科研项目会计核算方面,在保证会计核算的合规性和准确性的同时,探索行之有效的对策,形成充满活力的科研资金管理和运行机制,提高科研资金的使用效益。另外要加强财务人员培训学习,加强会计信息化建设,才能更有效执行新政府会计制度,编制高质量的政府综合财务报告。