TNF-α拮抗剂对银屑病患者肠道中病毒群落的构成以及银屑病皮损中差异基因表达的影响

来源 :江苏大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sargelee
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:1.TNF-α拮抗剂是最早用于治疗银屑病的生物制剂,具有疗效好,起效快等优点。然而,TNF-α拮抗剂的副作用尚未完全明确。TNF-α拮抗剂的使用为病毒群落在人体肠道中的定植创造了有利的条件,本研究通过分析患者在使用TNF-α拮抗剂治疗前后肠道中病毒群落的构成,探究TNF-α拮抗剂是否会导致肠道中病毒群落发生紊乱,从而评估TNF-α拮抗剂使用的安全性。2.TNF-α拮抗剂存在耐药、部分患者疗效差等问题。通过分析患者在使用TNF-α拮抗剂前后皮损中差异基因的表达,探究银屑病发病过程中的枢纽基因,有助于我们发现银屑病治疗的新靶点。方法:1.我们整理了14个TNF-α拮抗剂治疗前后(16周)银屑病患者的临床数据并收集了患者的粪便样本。首先,利用PASI评分对TNF-α拮抗剂的疗效进行评估。然后利用病毒宏基因组技术对采集到的粪便样本进行病毒宏基因组学方面的研究,分析TNF-α拮抗剂治疗前和治疗后肠道中病毒群落的构成以及病毒群落的多样性。2.从Gene Expression Omnibus数据库下载GSE109248和GSE181318两个微阵列数据集,共计37个样本,包括17个健康组(健康人皮肤组织)和20个银屑病组(银屑病皮损处组织),通过分析银屑病皮损处组织和健康人组织之间的差异表达基因(DEGs),鉴定出银屑病的枢纽基因(Hub Gene)。利用生物信息学技术对DEGs和hub gene进行功能注释、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI网络)和免疫浸润等分析。然后基于GSE11903数据集,包括14个治疗前(治疗前皮损处组织)和14个治疗后(治疗后皮损处组织),分析TNF-α拮抗剂治疗前和治疗后hub gene的表达情况。结果:1.TNF-α拮抗剂治疗16周后患者的红斑、鳞屑等症状明显改善,达到PASI75的患者有6例(86%),达到PASI90的患者有4例(57%)。2.银屑病患者的肠道病毒在科(Family)水平上主要由以下的病毒群落组成:Ackermannviridae 0.24%、Autographiviridae 1.29%、Herelleviridae 0.29%、肌尾噬菌体科(Myoviridae)5.02%、短尾病毒科(Podoviridae)7.76%、长尾噬菌体科(Siphoviridae)13.31%、丝状噬菌体科(Inoviridae)0.93%、微小噬菌体科(Microviridae)43.94%、长线形病毒科(Closteroviridae)0.04%、帚状病毒科(Virgaviridae)1.75%等31种病毒科。其中,Microviridae、Mimiviridae、Myoviridae、Siphoviridae、Podoviridae、Phycodnaviridae这6个病毒科在文库中的所占的比例比较高。而Ascoviridae、Mollivirus sibericum、Closteroviridae、Iridoviridae、Potyviridae、Alphaflexiviridae等病毒科在肠道中所占的比例较少。经TNF-α拮抗剂治疗后16周,这些病毒的丰度在治疗前后无显著的差异(P>0.05)。3.Alpha多样性结果显示在科、属、种三个层面上,TNF-α拮抗剂治疗前和治疗后肠道中病毒的多样性、丰富度和均匀度无显著差异;Beta多样性结果显示在科、属、种三个层面上,治疗前和治疗后文库中病毒的组成极为相似。4.银屑病皮损处基因的差异表达分析共筛选出162个DEGs,其中上调的基因有102个,下调的基因有60个。GO富集分析显示,上调的基因主要富集在皮肤发育、表皮发育、表皮细胞分化、角质形成细胞分化、细胞趋化性等方面。KEGG通路分析表明,这些DEGs主要富集在细胞因子受体活性相关信号通路上。5.免疫浸润结果发现银屑病组和健康组在免疫细胞浸润方面存在显著差异,与正常组织相比,静息的肥大细胞和巨噬细胞M2在银屑病皮损处浸润较少。而调节性T细胞(Tregs)、激活的树突状细胞、记忆B细胞和中性粒细胞在银屑病皮损处浸润较多。6.SPRR3、SPRR1B、SPRR2B、CXCL1、CXCL10、IFIT3、IL1B、ISG15、OASL等在银屑病中显著上调的hub gene,在经TNF-α拮抗剂治疗后,其表达明显降低(P<0.05)。并且发现SPRR1B、SPRR2B等hub gene和中性粒细胞、记忆B细胞以及活化的树突状细胞具有强相关性(R>0.6,P<0.05)。结论:1.TNF-α拮抗剂用于治疗中重度斑块型银屑病疗效显著。2.TNF-α拮抗剂治疗前和治疗后肠道中病毒群落的构成以及多样性并未发生明显的改变,表明TNF-α拮抗剂的使用对肠道中病毒群落的影响较小,并未产生相应的副作用,说明TNF-α拮抗剂治疗银屑病的安全性较高。3.SPRR3、SPRR1B、SPRR2B、CXCL1、CXCL10、IFIT3、IL1B、ISG15、OASL等hub gene与银屑病的发病过程密切相关,可能是银屑病潜在的治疗靶点。
其他文献
石墨烯六边形蜂窝状的二维晶体结构,使其拥有很多优异的物理化学性能,在微电子器件领域有着广阔的应用前景,被认为是21世纪的“革命材料”和“未来材料”。在石墨烯基电子器件中,石墨烯与金属连接中两者间接触电阻的存在极大地影响着载流子迁移率。接触电阻的大小与石墨烯功函数密切有关,因此石墨烯功函数在其器件研究中是需要考虑的一个重要性质。本文使用化学气相沉积(CVD)方法制备生长温度980℃,沉积时间为30
学位
写作作为英语五大语言技能之一,是一种表达性技能,英语写作能力则是评估学习者语言综合运用能力的重要指标。《义务教育英语课程标准》(2022年版)对初中生英语写作所需达到的层次提出了明确的要求。但实际上初中生英语写作能力由于多种因素(词汇不足、训练缺乏、策略不够等)的影响,还处于较低水平。词块集语法与意义于一体,具有生成性和稳定性的特征,这就为学习者创造性使用单词提供了很大的空间。由于词块的基本概念与
学位
目的观察急性呼吸窘迫综合征(Acute respiratory distress syndrome,ARDS)新生儿中是否存在中性粒细胞胞外诱捕网(Neutrophil extracellular traps,NETs)的形成,以及动态观察游离脱氧核糖核酸(Circulatingfree-deoxyribonucleic acid,cf-DNA)/NETs的变化在新生儿ARDS严重程度及预后中的意
学位
目的:探讨Betatrophin基因rs2278426多态性与2型糖尿病(Type 2 Diabetes Mellitus,T2DM)患者尿白蛋白/肌酐比(Urinary Albumin/creatinine Ratio,UACR)的相关性。方法:研究中共纳入408例受试者,来源于我院内分泌代谢性疾病科及健康体检患者,其中T2DM组321例,正常糖耐量组(Normal Control,NC组)87
学位
超声处理影响乳清蛋白结构、功能和化学特性的研究较多,但人们对超声处理影响乳清蛋白固体凝胶消化行为的认识不足。同样,大豆-乳清复合蛋白基质和大豆-乳清复合蛋白乳化脂肪颗粒对乳清乳化蛋白凝胶性能的影响研究也较缺乏。本研究拟探讨不同频率和功率水平对超声预处理乳清蛋白乳液凝胶凝胶性质、微观结构和消化行为的影响。并利用大豆蛋白部分替代乳清蛋白,进一步研究大豆-乳清复合蛋白比例的大豆-乳清复合蛋白乳化脂肪颗粒
学位
水凝胶具有与天然细胞外基质类似的物理化学性质,如高含水量、网络通透性等。同样,由于其匹配软组织的力学强度,水凝胶材料已经展现出模拟细胞外基质并替代生物体组织器官的潜力,因此在皮肤组织修复、骨缺损再生以及软骨组织填充修复等相关生物医学领域具有广泛的应用前景。然而,传统共价交联的水凝胶由于力学强度较弱、内部网络结构不可逆,实际使用过程会出现易破碎且不可恢复的缺点。此外,由于此类水凝胶高度依赖体外成型、
学位
为了降低碳排放,利用植物蛋白替代部分动物蛋白开发双蛋白营养健康食品是近年来的研究热点。马铃薯蛋白(PP)不仅具有良好的加工功能特性如凝胶性,而且马铃薯蛋白相对分子量小、过敏性低。因而,马铃薯蛋白在替代动物蛋白开发双蛋白凝胶产品上具有较好的应用前景。食品凝胶的结构会影响其在消化过程中营养素如蛋白和脂肪的释放,使其营养品质发生改变。因此认识凝胶的消化行为对反向设计功能性质不同的蛋白凝胶产品有重要作用。
学位
目的本论文旨在研究中国人群中SMAD3/SMAD6基因的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)与食管鳞状细胞癌(Esophageal Squamous Cell Carcinoma,ESCC)发病风险的关系。方法本课题为一项以医院为基础的病例对照研究。本研究选取1043名ESCC患者为病例组,同时选取1315名非癌症个体为对照组。首先使用LDR(
学位
研究目的:1.探讨PCK1在胃癌中的表达水平、与胃癌患者预后的关系。2.探讨PCK1对人胃癌细胞生长、增殖与迁移的影响。3.探究PCK1在胃癌恶性生物学行为中发挥作用的分子机制。研究方法:1.生物信息学利用TCGA及GTEx数据集中胃癌以及癌旁组织分析PCK1在胃癌以及癌旁组织中的表达水平及临床病理参数,探究PCK1的表达水平与临床病理学特征和总生存期(OS)的关系。2.采用基因功能富集分析(GS
学位
研究背景与目的:钙敏感受体(calcium-sensing receptor,Ca SR)是G蛋白偶联受体的一员,在全身组织器官中都有表达,但其在各部位表达丰度不同。钙敏感受体引人关注的特点之一是,它在不同的肿瘤中发挥促进或抑制肿瘤发生发展的作用,但其在肝癌中的作用尚不明确。姜黄素(Curcumin,Cur)作为一种从姜科植物的根中提取的多酚化合物,具有抗感染、抗氧化、清除氧自由基、抗人类免疫缺陷
学位