【目的】以25年生马尾松种源、地点、林分三水平子代试验林为研究材料，从表型、遗传变异两方面开展研究，以期为马尾松遗传育种策略的制定提供有价值参考。【方法】采用SSR分子标记进行遗传结构分析，使用Arlequin 3.5软件依据线性模型估算各层次变异的相对分量。以SAS分析软件依据线性模型对林分生长量数据进行统计分析，以4因素嵌套模型估算各层次变异的相对分量。【结果】遗传多样性分析结果表明，种源间及种源内无明显的遗传分化。分子方差分析结果表明，种源间的遗传变异仅占总变异的2.56%，种源内不同地点间的变异占1.66%，地点内个体间的遗传变异则占总变异的95.78%。生长表型数据分析结果同样显示胸径与材积性状在种源间、种源内地点间、同一地点的优良林分与普通林分间均无显著差异。【结论】分子方差分析与生长性状表型数据方差分析的结果均表明，广西马尾松的主要遗传变异存在于林分内个体间。因此在优良种源中开展优良单株选择可以获得更好的改良效果。该结论对于马尾松遗传育种策略的制定具有重要的参考价值。