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利用SNP标记,对南方104个籼型两系杂交水稻亲本进行了遗传差异分析。结果表明,(1)104个籼型两系杂交水稻亲本两两之间的遗传距离变化幅度为0.00~0.50,变异较大,不育系与父本间的平均遗传距离>不育系内遗传距离>父本内遗传距离,其中推广面积较大的两系不育系培矮64S、株1S等与父本间的遗传差异较大,分别聚类于不同的类群;中籼不育系与中籼型父本之间的遗传差异大于早籼不育系与早籼型父本之间的遗传差异,早籼与中籼之间的遗传差异大于早籼内、中籼内遗传差异。SNP标记用于分析水稻品种间的遗传差异与系谱分析结果具有较好的一致性。