【摘 要】
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目的:通过生物信息学方法探讨细胞凋亡相关基因(ARGs)透明质酸受体蛋白CD44在甲状腺癌(THCA)组织中表达及其与患者临床病理特征和肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)的关系,为THCA的诊断和治疗提供新的研究方向。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得THCA凋亡相关的差异表达基因(DEGs)表达谱,选取表达上调的CD44基因,分析THCA组织和癌旁组织中CD44 mRNA表达水平;采用受试者
【基金项目】
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辽宁省科技厅自然科学基金项目(2021-MS-333);
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目的:通过生物信息学方法探讨细胞凋亡相关基因(ARGs)透明质酸受体蛋白CD44在甲状腺癌(THCA)组织中表达及其与患者临床病理特征和肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)的关系,为THCA的诊断和治疗提供新的研究方向。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得THCA凋亡相关的差异表达基因(DEGs)表达谱,选取表达上调的CD44基因,分析THCA组织和癌旁组织中CD44 mRNA表达水平;采用受试者工作特征(ROC)曲线对THCA组织与癌旁组织进行鉴别;采用基因本体功能注释(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因集富集分析(GSEA)对DEGs进行功能及通路富集分析;采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,通过Cytoscape软件进行可视化;采用TIMER数据库分析THCA组织中CD44 mRNA表达和TILs浸润丰度之间的相关性;使用R语言分析CD44蛋白表达与免疫检查点的关系。选取110例THCA患者标本,采用免疫组织化学SABC法检测THCA组织及相对应的癌旁组织中CD44蛋白表达情况。结果:TCGA数据库分析,与癌旁组织比较,THCA组织中CD44 mRNA表达水平明显升高(P<0.05);ROC曲线分析,在临界值为6.855时,CD44的灵敏度、特异度和准确性分别为89.71%、75.13%和72.91%;GO和KEGG分析,DEGs主要富集在凋亡相关通路;GSEA分析,DEGs与中性粒细胞脱颗粒反应有关;TIMER数据库分析,THCA组织中CD44 mRNA表达水平与B细胞、巨噬细胞、CD4+T淋巴细胞、树突状细胞和中性粒细胞浸润丰度呈正相关关系(partial. cor>0,P<0.01),与肿瘤纯度和CD8+T淋巴细胞浸润丰度无关(partial. cor≤0,P<0.01);在THCA组织中CD44蛋白表达水平与9个免疫检查点基因呈正相关关系(P<0.01),与1个免疫检查点基因呈负相关关系(P<0.01);免疫组织化学SABC法检测,THCA组织中CD44蛋白阳性表达率高于癌旁组织(P<0.01);THCA组织中CD44蛋白表达与肿瘤直径和淋巴结转移有关(P<0.05),与患者性别、年龄和腺外侵犯无关(P>0.05)。结论:CD44在THCA组织中高表达可能与肿瘤的进展及肿瘤的多种免疫反应有关。
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