【摘 要】
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[目的]探索霍乱弧菌新发菌株H1的六型分泌系统(T6SS)存在的转录调控机制.[方法]本研究以转录组测序为基础,分析H1株分别由于vipA敲除(H1ΔvipA),vipB敲除(H1ΔvipB)和clpV敲除(H1ΔclpV)时T6SS基因簇的转录水平,并对其差异基因进行了基因本体论(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集.[结果]发现H1ΔvipA有22个差异基因(FDR<0.01,|log2FC|≥1),其中有18个属于T6SS基因簇;并且除vipA外,其转录水平均呈上升趋势.结合GO富集
【机 构】
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中山大学医学院,广东深圳518107
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[目的]探索霍乱弧菌新发菌株H1的六型分泌系统(T6SS)存在的转录调控机制.[方法]本研究以转录组测序为基础,分析H1株分别由于vipA敲除(H1ΔvipA),vipB敲除(H1ΔvipB)和clpV敲除(H1ΔclpV)时T6SS基因簇的转录水平,并对其差异基因进行了基因本体论(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集.[结果]发现H1ΔvipA有22个差异基因(FDR<0.01,|log2FC|≥1),其中有18个属于T6SS基因簇;并且除vipA外,其转录水平均呈上升趋势.结合GO富集和KEGG富集结果,发现vipA的缺失会引起与霍乱弧菌群体感应相关基因(hapR)的转录水平显著降低.[结论]我们得出结论vipA基因在霍乱弧菌H1菌中是一个具有多重功能的基因,一是编码T6SS鞘结构蛋白,二是参与T6SS调控;推测hapR可能参与H1株中vipA对T6SS基因簇的转录调控.
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