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采用正交试验设计，对薄壳山核桃ISSR—PCR反应体系的主要影响因子（TaqDNA聚合酶、dNTP、引物、Mg^2＋和模板DNA）进行了优化，并得到了适合薄壳山核桃的ISSR—PCR扩增体系。结果表明，20灿的ISSR—PCR反应体系中，1．0U的Taq酶、0．4mmol／L的dNTP、0．2μmol／L的引物、2．0mmol／L的Mg^2＋和40ng的模板DNA为适合薄壳山核桃的最佳反应条件。