随着医改的深入推进，我国乡镇卫生院得到一定发展，但也还存在着一些问题，医改新机制运行仍不完善。
　　一、乡镇卫生院主要存在三个问题
　　一是医疗技术人才缺乏。全国乡镇卫生院人才数逐步降低，人才短缺现状没有改变；国家对基本公共服务投入加大，但乡镇卫生院人员没有相应增加。
　　二是基本公共卫生服务不实。按照乡镇卫生院的功能定位，其公益性主要体现在为辖区居民提供基本医疗和基本公共卫生服务。公共卫生专业技术人员严重不足，基本公共卫生服务任务没有得到很好落实。
　　三是分级诊疗制度落实不到位。分级诊疗包括基层首诊、双向转诊。基层首诊、双向转诊是指乡镇卫生院等基层医疗单位先对患者进行首次诊断，根据病情，对一些无法确诊及危重的病人转移到相应的上一级或者专科医院进行治疗。上级医院处理疑难危重病人，并对治疗后护理简单，病情稳定的患者转移到乡镇卫生院进行继续治疗和康复。这既确保了医疗服务质量，又减少费用，可缓解大医院压力，充分发挥乡镇卫生院资源。基层首诊、双向转诊的分级诊疗制度既是解决老百姓“看病难、看病贵” 的重要举措，也是优化医疗资源配置结构，节约医疗社会总成本的重大举措。目前我国医疗诊治存在普遍现象是：本应承担疑难危重病的大型综合性医院承担大量常见病、多发病的诊疗任务，造成卫生资源拥堵和浪费。在实际诊疗中，乡镇卫生院收治病人少，上级医院收治病人多，且乡镇卫生院住院病人比率在逐渐减少。据国家卫生计生委副主任马晓伟说，“（基层卫生）仍然面临众多困难和挑战，基本医保管理体制尚未明确等。”可以说医改新机制运行不够完善是普遍存在的。
　　二、乡镇卫生院存在这些问题的原因分析
　　一是人力资源薄弱。乡镇卫生院较县级、省市医院生活条件差，待遇低，难以吸引人才。由于乡镇卫生院医疗技术水平相对较低，使得农村居民有病到县城或者省市医院看病，乡镇卫生院基本医疗资源闲置浪费，收入难以提高。这又导致难以吸引优秀人才加入，形成不良循环。收入少工作量加大导致员工积极性降低。医改启动以来，在乡镇卫生院强力推进药品零差率。由于砍掉药品加价，会导致医院收入下降，因此必须增加一块收入来弥补医院药品零差率带来的损失。政策操作者设想由两方面来弥补，一是政府补助，二是由医保来支付，用两方面资金来提高医疗服务价格，一降一升，没有加重患者负担，医务人员收入提高，医院收支仍能保持平衡。由于药品没有差价，医生多开药的动力消除；由于提高医疗服务价格，医院提高技术质量的动力增加。这样医疗行业结构得到理顺优化，医疗服务价值规律得以遵守，医疗收入由医疗服务质量水平决定，社会医疗总成本得以控制。药品零差率实行后，基本医疗服务价格并没相应提高，政府补助有时不到位，实际导致基本药物零差销售影响卫生院收入水平。
　　二是政府补偿不足不及时影响乡镇卫生院正常运转。 政府提出坚持放管结合，应当保障基本医疗和基本公共卫生服务。问题是如何合理划分政府与市场在医疗卫生中的责任比例，这成为医改当中的难点。在基层，尤其是县级财政收入保障水平不高，政府对医疗卫生的补偿往往不足，有时不及时，这也影响了乡镇卫生院的正常发展。
　　三是乡镇卫生院管理能力和水平有待提高。教育培训管理不严，人员技术提高有限；绩效考核管理不严格，医务人员积极性降低；基本药物管理不完善，乡镇卫生院药房基本药物有的價格不便宜，部分常用药有时送货不及时，甚至没有供货。这导致有些常用药在卫生院买不到，老百姓就抱怨，不高兴，对卫生院信任度降低。
　　四是医患信任度降低，分级诊疗制度难落实。根据医疗保障理论和公共服务均等化理论，政府对乡镇卫生院考核侧重于基本公共卫生服务方面，尽管为增加收入乡镇卫生院仍然重视基本医疗，但基本医疗能力有弱化趋势。这使得群众对乡镇卫生院信任度降低，小病也去上级医院，分级诊疗难落实。
　　三、促进乡镇卫生院发展的意见建议
　　为促进乡镇卫生院发展，落实国家医改要求建议采取有效措施。
　　一是加强人才培养，调动医务人员积极性。医务人员是医改中的主力军。他们的积极性如何，不仅关系到医疗社会总成本是否能够降低，也直接关系到医改政策的落实和卫生事业的持续发展。因此他们的正常利益应在医改中得到维护，在医改政策制定和落实上应吸收医务人员合理意见和想法，乡镇卫生院也应坚持按劳分配制度，制定“符合医疗行业特点的人事薪酬制度”。把乡镇卫生院人才培养放在发展的首要位置考虑，加强对卫生院现有人才的培养力度，制定学习制度并进行考核，学习后的考核作为职工奖惩的内容之一。当地卫生行政部门对乡镇卫生院考核中加入培训学习内容，并将培训提高的结果作为考核院长的指标之一。同时采取招聘、返聘、轮岗等多种形式引进合格人才，充实基层卫生技术人员队伍。上级医院应定期派出一定的医务骨干到乡镇卫生院出诊，并培养乡镇卫生院业务骨干。把医务骨干培养当地乡镇卫生院业务骨干当成考核的主要内容之一，为基层培养并留住人才。
　　二是政府应加大支持力度，提高管理水平。政府支持应及时足额，将推行药品零差率导致乡镇卫生院的收入差额部分补齐。对于经常性收支差额应根据乡镇卫生院前三年的经营取平均数，再结合物价波动给予合理补助，且应随着每年物价波动进行调节。国家要承担基建、设备以及日常运行费用等，并随着社会发展相应提高。
　　加强政府顶层管理设计，将条块化的惠民政策整合起来形成合力。若能将文化娱乐健身活动与基本公共卫生服务结合起来，形成合力，使群众能根据基本公共卫生服务所掌握的身体信息采取不同的健身娱乐方式，使健康与日常生活娱乐结合更紧密，会使政府惠民政策起到事半功倍的效果。其次，医改政策推行前应进行评估，使其保障乡镇卫生院医务人员正当权益。医改涉及政府、公民、医务人员三方利益，新农合的实行使农村居民“看病贵”得到缓解，但乡镇卫生院医务人员积极性降低。医改要降低社会总成本，政府应提高医务人员收入。这需要通过改革理顺结构，既保障乡镇卫生院的整体效益，又要拉开收入差距，突出能者多劳多得，使技术高贡献大的医疗骨干有更好待遇。第三应完善政府管理细节。政府在推行政策时应结合实际情况加强政策针对性，不搞“一刀切”，将现有医改政策做实做细，做到“蹄疾而步稳”，为进一步深化改革打下基础。
　　三是将农村居民对乡镇卫生院的满意程度应纳入考核范围，促进医护人员和群众关系和谐发展。乡镇卫生院是公益性质的服务行业，有些医患矛盾并非由于技术存在瑕疵，而是医患之间沟通不好，信任度低的原因。有时本来不会成为矛盾的可能因为服务不周而导致医患矛盾增加，有时医患误解可能因为言语、服务态度良好而化解。医务人员应有换位思考的习惯，设身处地为患者考虑，患者的满意度也应成为重要的考核内容。
　　只要用心去做，用科学务实的态度，勇于担当的责任感去做，就能为促进乡镇卫生院进一步发展，为农村群众提供更好的医疗健康服务。