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目的探讨丙型肝炎病毒(HCV)核心(C)区和包膜1(E1)区变异与其感染慢性化的关系。方法10例HCV慢性感染者和2例急性感染者血标本,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HCV的C区羧基端、 E1及 E2区氨基端片断(1kb),扩增产物进行克隆,以单链构象多态性(SSCP)和异质性双体(HD)分析对每份血清的30个克隆的C/E1区准种(quasispecies)进行筛选,挑选每例标本HCV的优势株与劣势株序列进行测定,并分析推导的氨基酸序列。结果各例患者血清中HCV的C/E1区扩增片段形成的SSCP条带间差异明显,而HD与同源双体之间差距不明显。HCV急性感染者和慢性感染者血清病毒C区无发生变异,后者E1区氨基酸替换率为1.32%,但功能性氨基酸无改变。结论HCV的E1区序列变异以准种形式存在,但与免疫逃避可能无关。