肝细胞癌浸润固有淋巴细胞的群谱研究

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固有淋巴细胞(innate lymphoid cells,ILCs)是指来源于骨髓淋巴细胞祖细胞,不表达TCR和BCR,不进行抗原特异性受体基因重排的一类异质性细胞。国际免疫学会联盟批准的ILCs共分为5群,包括NK细胞、ILC1、ILC2、ILC3与LTi细胞。大部分ILCs是组织驻留细胞,在机体微环境中发挥免疫调控作用。已有报道表明ILCs会在肿瘤微环境中聚集,但其究竟发挥怎样的功能尚不清楚。并且在不同组织微环境中特定细胞因子的影响下ILCs各个亚群之间会发生转变,从而对局部环境的改变做出快速应对。肝脏是固有免疫优势器官,包含的固有免疫细胞种类多、数量大,是研究固有免疫细胞的重要器官。此外,由于肝脏的免疫耐受特性,肝癌的发生率较高,那么肝脏ILCs在其中又发挥了怎样的作用呢?单细胞RNA测序技术的出现为我们研究数量稀少细胞的异质性提供了一个很好的手段,已有研究通过单细胞RNA测序技术发现了先前被忽略的细胞亚群。而目前关于人肝脏ILCs在正常肝脏及肝脏肿瘤发生时的功能状态研究不足,因此我们希望通过对人正常肝脏及肝细胞癌肿瘤及癌旁浸润ILCs的转录图谱的研究,为治疗肝细胞癌提供新思路。结果如下:1.人肝脏NK细胞不同于脾脏或者外周血NK细胞人正常肝脏、脾脏与外周血NK细胞的单细胞转录图谱对比分析,发现脾脏与外周血NK细胞转录谱比较接近,而肝脏NK细胞具有与它们差异明显的转录谱特征,表明人肝脏NK细胞具有器官特异性。2.高通量聚类分析确认人肝脏包括7个ILCs亚群单细胞RNA测序数据整合分析发现人正常肝脏中共包含7个ILCs亚群(L1~L7),除了已知的亚群,我们还发现了表达CD16的肝脏驻留NK细胞亚群(L4-LrNK-FCGR3A)以及既表达中等水平的CD56bright NK细胞基因又表达中等水平的CD56dim NK细胞基因的NK细胞亚群(L3-NK-HLA)。并且这两个新发现的亚群均具有正向免疫调控作用。3.高通量聚类分析确认人肝细胞癌中有6个ILCs亚群单细胞RNA测序数据整合分析发现人肝细胞癌中有6个ILCs亚群(T1~T6),和正常肝脏相比缺少了两个具有正向免疫调控作用的NK细胞亚群,而ILC2在肝脏肿瘤中聚集,暗示了ILC2发挥促进肿瘤发生发展的作用。4.肝细胞癌肿瘤组织ILC2比例明显高于癌旁比较同一例肝细胞癌患者肿瘤与癌旁浸润ILCs的单细胞RNA测序数据,进一步确认了人肝细胞癌肿瘤组织ILC2比例明显高于癌旁。5.发现4个在肝细胞癌患者外周血与肿瘤组织均高表达的生存预后分子为了方便患者通过外周血进行检测,我们寻找在肝细胞癌患者肿瘤组织与外周血中相对于正常对照共同高表达的基因。通过TCGA数据库中的临床病例对这些基因进行分析,最终确定了 4个可以作为肝细胞癌患者生存预后的分子,它们在多个肝细胞癌患者队列中均与患者的生存预后相关。其中高表达RHOB或者HLA-DPA1基因的患者生存预后更好,而高表达TKT或者S100A11基因的患者生存预后较差。6.SLAMF1分子是潜在的免疫检查点分子我们进一步通过实验验证了肝细胞癌肿瘤组织浸润了大量的ILC2,并通过细胞周期分析以及RNA动力学分析发现肿瘤组织的ILC1有向ILC3转变并最终转化为ILC2的趋势。同时我们也通过流式细胞术验证了肝细胞癌肿瘤浸润ILC2表达更高水平的SLAMF1分子。结合肝细胞癌患者的临床资料与生存分析,我们发现肝细胞癌患者肿瘤浸润ILC2若是高表达SLAMF1分子则生存预后较差。并且这种现象在多种类型肿瘤中均存在,包括肾透明细胞癌与肾乳头状细胞癌。最后我们还通过批量RNA测序确认了 SLAMF1+ILC2在人肝细胞癌中发挥免疫抑制作用。综上所述,相比较健康肝组织,肝细胞癌患者肿瘤组织发挥正向免疫调控作用的NK细胞亚群缺失,发挥抑制作用的ILC2聚集,这可能是由于其他类型的ILCs向ILC2转化导致的。肿瘤浸润ILC2会高表达SLAMF1分子,而SLAMF1分子的高表达与肝细胞癌患者以及其他多种类型肿瘤患者的较差的生存预后相关。可以说,SLAMF1分子是一个潜在的免疫检查点分子。我们的研究发现了 4个在肝细胞癌肿瘤组织与外周血中均上调表达的生存预后分子,在患者血液中检测这4个基因,为预测肝细胞癌患者的预后提供一种简便方法。同时我们发现了新的免疫检查点分子SLAMF1,它有可能用于肝细胞癌或者其他肿瘤的免疫治疗。
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