高校创新是一个集合多因素和多角度的复杂创新体系，为了系统地考察政府科技投入对高校创新活动的影响情况，本文以科技创新理论和公共产品理论等为基础，总结已有研究，从宏观和微观层面对高校创新的影响因素进行了实证。本文选用1995年-2016年间全国高校省级面板数据进行效果测量，利用固定效应模型测度了宏微观要素的影响效果。
　　为了探究政府科技投入在高校创新体系的内部作用机制，本文对直接作用、中介作用和间接信息传递作用三条影响路径也进行了机制检验，以确定政府科技投入对高校创新活动的影响途径，实现内在作用机理的探究。同时，对我国创新系统按照行政标准分为四个对比区域，以希望通过区域假设检验结果与全国层面的结果对比，可以清晰地识别出区域影响路径的差异，帮助针对性提出政策建议。
　　本文的实证结果表明：(1)从全样本数据来看，政府科技投入对高校创新产出中的论文数量和专利数量具有直接的促进作用。在区域层面，除了中部和东北地区对论文产出的直接作用效果不明显，其他区域结果都显著呈正向关系。(2)从全样本数据来看，科研人员在政府科技投入对高校论文产出和专利产出的影响中具有中介效应，但在区域层面科研人员的中介效应存在显著差异。(3)在全样本和区域数据中，除了东北地区，政府科技投入都具有间接的信号传递效应，且横向经费在政府科技投入对高校论文产出和专利产出影响中具有中介效应。(4)从全样本来看，GDP和产业结构对高校论文创新和专利创新具有显著的正向影响，国有经济发展显著抑制论文产出，但正向促进专利产出，而对外开放程度只对论文产出起到促进作用。影响因素的效果在区域间呈现明显差异。