上世纪 70 年代末、80 年代初,吴雁南先生在国内最早对清末无政府主义、虚无主义思潮作出了基本肯定的评价,认为无政府主义思潮“有一定的积极作用,又有一定的消极影响,而积极的进步的作用却是主要的”;国粹派则“大都是民族、民权思想的宣传者,在辛亥革命前几年间活动基本上是应当肯定的”。他的研究突破了对无政府主义、国粹主义思潮全盘否定的传统结论。其后,他与冯祖贻、苏中立两位先生一起,主编了国内第一部系统研究晚清社会思潮的专著《清末社会思潮》。该书以社会思潮为研究对象,把思想家个体汇入群体加以宏观考察;在微观上,不囿陈说,对维新、立宪、实业救国等思潮都阐发了新的见解。90 年代末,他与冯祖贻、苏中立、郭汉民诸位先生一起,主编出版了《中国近代社会思潮》,对中国近代社会思潮作了全面展现,拉长了时间段,扩展了内容面;对近代社会思潮特点进行了总体概括,对涉及近代社会思潮的内涵界定、评价标尺、社会土壤等诸多理论问题多有独到见解。其研究成果,从广阔的视野探索了近代社会思潮发展的必然规律;多层次,多侧面地展现了近代中国的社会历史画卷和中华民族近百年来所走过的艰难历程,反映了古今中外文化冲突融合的时代特点,有助于引导人们从过去的历史正确认识我国特有的国情,深刻理解社会主义道路是中国历史的必然选择。该书成为目前为止“篇幅最长,规模最大的系统研究近代社会思潮的专著”,奠定了吴雁南先生在此研究领域的领先地位。其成就的采撷与他的学者风范紧密相联。渊博的学识,强烈的史家责任感促使他不断开拓学术新领域。主动融入学界的作风及热心提携后进的伯乐精神足以泽惠后学。