在经济全球化发展的推动下,科学技术与经济发展的联系越来越紧密,人类社会逐渐步入知识经济时代,而推进产学研合作是将知识转化为技术的有效途径。产学研合作可以促进资源知识的共享,实现区域科技与经济协调一体化。在知识经济时代,高校不仅是传授知识、培养创新思维和人才的地方,而且逐渐成为国家创新学科、新知识、新技术的聚集地;另一方面,企业可以促进技术创新,有效将先进技术转化为生产力,提高市场竞争力。然而,在当前的产学研合作实践中,产学研合作的效果并未达到预期,由于各个地区的发展程度以及投入不同,产学研合作效率存在明显差异性。因此,研究产学研合作效率及其区域差异性,对促进我国产学研合作创新,建设创新型国家具有重要的意义。本文以效率研究为主线,基于校企联合的背景,以我国31个省市自治区为研究对象,首先对我国各区域投入和产出2011-2018年的发展情况进行了初步分析;其次,运用三阶段DEA的方法将人均地区生产总值、有R&D活动的企业数、外商投资总额以及科技经费来自政府资金对产学研合作效率的影响纳入研究中,剔除环境因素和随机因素的影响,并将第一阶段与第三阶段的结果进行比较;最后,运用Malmquist指数法从动态角度分析比较不同地区、不同年份的全要素生产率及其指数分解情况,并运用非参数检验法分析其差异的显著性。本文研究结果表明:（1）我国产学研合作效率存在不同程度的投入冗余或产出不足的不合理现象;（2）外部环境因素的存在对产学研合作效率值有影响,尤其对西部地区的规模效率影响较为显著,应注重投入规模与地区发展相匹配的合理性;（3）产学研合作的全要素生产率及其分解指数在2011-2018年间虽然没有固定的上升趋势,整体呈现波动趋势,但是2018与2011年相比全要素生产率减小的幅度要明显降低;（4）三个层次的技术效率、技术进步率、规模效率和全要素生产率均存在显著差异性,三个层次的纯技术效率差异性则不明显。最后,根据实证计算结果,有针对性地对我国产学研合作存在的主要问题提出一定的对策与建议。