创业板市场于2009年10月底创立，主要为自主创新能力较好、成长性较强的公司服务，一直以来，关于创业板上市公司的自主创新能力受到了密切关注，那么，经济“新常态”的背景下，如何提升创业板上市公司自主创新能力尤显迫切。基于委托代理理论，股权激励制度能够有效的降低所有者-经营者-员工之间的代理成本，能够充分地调动管理者和员工的积极性，激发他们的主动性和创造性，从而提高公司的技术创新能力。我国从2016年9月1日起调整和完善有关股权激励所得税政策，扩大当前股权激励优惠政策的覆盖面，以此激发企业创新活力，提高技术创新能力。　　医药制造行业关系国计民生健康，目前随着生物技术的发展和人们的生命观念的革新，医药制造行业已成为21世纪创新最为活跃、影响最为深远产业之一，关系到“健康中国”的建设。日前，国务院印发的《“十三五”国家科技创新规划》中指出了技术创新对于生物医药行业的重要意义。自第一家创业板医药制造业公司2011年实施股权激励方案，越来越多的医药制造业公司推行股权激励方案，以此提高企业的技术创新能力，截止2016年底，已有接近半数的创业板医药制造业公司公布了股权激励方案，为此，研究创业板医药制造行业的股权激励对技术创新的影响更加具有实践意义。　　但是，目前关于股权激励对技术创新能力的影响研究多集中于实证研究层面，集中于分析信息技术行业的影响，缺少对于医药制造业的研究。　　本文对相关股权激励理论进行了总结整理，以此为基础，结合我国医药制造行业的特点，分析创业板医药制造业股权激励和技术创新现状，以华仁药业和香雪制药为案例进行分析，对比两公司的股权激励方案，分析股权激励方案对技术创新投入、产出、成果转化的影响，试图为创业板医药制造行业推行新的、合理的股权激励计划提供案例借鉴和数据支撑。研究表明，股权激励实施后，华仁药业和香雪制药的研发投入、研发产出有了一定程度的提高，股权激励提高了企业的自主创新能力，但是由于影响研发成果转化因素的复杂性，股权激励方案的实施对于技术创新成果转化的影响不太理想。为此，本文提出一方面要强化股权激励，激发技术创新活力；另一方面，优化股权激励方案，合理设计股权激励方案，促进技术创新成果转化。