为应对“企业污染、政府买单”的困局,落实损害担责原则,并弥补国家自然资源所有权缺乏索赔主体的制度缺失,两办出台政策性文件,在全国推行生态环境损害赔偿制度。但由于制度定位不明确,且未经系统的顶层设计,导致其与现有的环境保护体系衔接失调,启动机制出现问题,阻碍该制度在生态文明建设中发挥作用。首先,索赔制度仅适用于发生严重影响生态环境后果的情况,未能全面落实损害担责原则,且各地在实践探索中对适用范围的扩张缺乏标准和依据,无法形成全国统一的启动标准;其次,索赔手段与环境行政手段并行,缺乏启动顺位和启动条件的安排,给予行政机关自由裁量的空间,不利于制度运行规范与行政权力的监督;最后,行政机关启动索赔程序的行为应属于履行环境保护职责的行为,但文件中并没有明确的义务性规定,而是表述为“可以提起诉讼”等,制度启动监督缺位。本文以制度启动的主体—一行政机关的国家环境保护义务为突破口,提出以自然资源国家所有权为请求权基础并不妥当,要透过所有权的表象,看到自然资源国家所有权课予行政机关的环境保护义务。为理清启动机制的问题解决思路,全面考察“行政命令+代履行”的行政手段应对生态环境损害案件失灵的情况,并分析以索赔手段弥补行政失灵的合理性与必要性,从行政补充的角度重新定位生态环境损害赔偿制度。重新定位后的制度应当是环境行政的延伸手段,在环境行政手段失灵时发挥作用。其启动标准不应局限于生态环境损害的严重性,而应以环境行政的需要为准,可以适用于所有生态环境损害案件中,但启动顺位次于行政手段,只有在穷尽行政手段后,仍需要对永久性损害和期间损害进行修复和赔偿时,方可启动索赔制度。要实现这一构想,可通过专门立法进行统一安排,以环境行政为标尺,扩张制度适用范围,限缩赔偿项目,形成制度间衔接顺位。同时还要建立启动公告机制,并通过已有的环境行政公益诉讼和环境民事公益诉讼对启动程序进行监督。