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背景和目的(1)利用TCGA以及GEO数据库通过生物信息学的方法筛选出亚裔肝细胞癌(HCC)特异性lncRNAHA02-IT1,并预测其功能。(2)预测HAO2-IT1上游转录因子及下游调控靶基因,并分析与临床特征的关联性。(3)收集HCC组织样本进行qRT-PCR实验,验证HAO2-IT1、HAO2和LEF1基因的差异表达情况及相关性。材料与方法(1)从TCGA以及GEO数据库下载关于亚裔HCC的表达谱文件以及临床信息文件,进行差异分析后利用Venn分析以及生存分析筛选出共同的差异且和生存相关的lncRNA。(2)利用GSEA软件对HAO2-IT1进行基因集富集分析,利用R软件进行GO以及KEGG分析预测HAO2-IT1的功能。(3)对HAO2-IT1进行共表达分析以及转录因子预测分析筛选出上下游有调控关系的靶基因以及转录因子分别是HAO2和LEF1。(4)通过qRT-PCR对HCC组织标本中HAO2-IT1、HAO2和LEF1的表达差异情况行验证以及相关性分析。结果(1)TCGA 联合 GEO 分析发现 4 个差异 lncRNAs,HHIP-AS1、HAO2-IT1和HAND2-AS1在HCC中表达下调,ST8SIA6-AS1在HCC中表达上调,其中HAO2-IT1与总生存(OS)以及无病生存(DFS)明显相关。GSEA、GO以及KEGG富集分析显示HAO2-IT1可能参与调节肿瘤代谢等过程。(2)分析发现HAO2在HCC中表达下调,LEF1在HCC中表达上调,HAO2-IT1与下游靶基因HAO2有明显的相关性且为顺式调控关系,与转录因子LEF1相关性及预测得分均较高。临床相关性分析显示HAO2-IT1在HCC较低的分期中高表达,HAO2的高表达也与HCC低分期、低分级有关,但LEF1则在HCC较高的分期中高表达。Oncomine数据库进一步证明HAO2以及LEF1在HCC中的差异表达。CPTAC数据库分析提示HAO2在HBV相关性肝癌以及癌旁中差异表达。(3)qRT-PCR结果显示HAO2-IT1、HAO2在肿瘤中表达下调,LEF1在肿瘤中表达上调,共表达分析显示HAO2-IT1和HAO2的相关性为0.89,LEF1和HAO2-IT1的相关性为-0.78。结论生物信息学分析发现HAO2-IT1在HCC中表达下调,其作为抑癌基因可能参与到肿瘤代谢过程中,进一步预测并发现了其上游转录因子LEF1、和顺式调控的下游HAO2基因。临床分析显示HAO2-IT1的高水平表达与HCC较低的分期有关,HAO2的高表达也与HCC的低分期、低分级相关,但LEF1表达越高则HCC的分期也越高。通过qRT-PCR法在HCC组织标本中验证了 LEF1、HAO2-IT1和HAO2基因的生信分析结果。