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猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)是引起仔猪病毒性腹泻的重要病原之一。近年来,虽然国外有1株TGEV全序列测定及基因结构特征的报道,但国内对TGEV的研究着重放在结构蛋白基因上,对非结构蛋白基因及非编码区的研究尚没见报道。为了全面解析TGEV的分子结构特征,填补国内流行毒株在此方面的空白,本研究以TGEV TS株感染的猪肠溶物为材料,参照GenBank中TGEV Purdue株全序列,对TS株ORF1(聚合酶基因)、ORF3、ORF7、5’非编码区和3’非编码区设计13对特异性引物,经过RNA提取、RT-PCR、以及重组质粒鉴定及阳性菌的测序等步骤完成了该病毒非结构蛋白及非编码区的序列测定,并利用DNAstar、RNAdraw等软件对TGEV TS株与其他毒株以及其他冠状病毒非结构蛋白核苷酸及氨基酸序列进行分析。其主要结果如下:1.本研究是我国首次对TGEV非结构蛋白基因及3’、5’非编码区进行克隆和分析,结合本实验室已测出的结构蛋白基因,测定出了TGEV TS全基因序列,并登陆Genbank,登陆号为DQ201447,该序列为国内首株测出的TGEV全基因序列,也是Genbank中第2株登陆的TGEV全序列。2.TGEV TS株聚合酶基因长为20054bp,由ORF1a和ORF1b组成。TS株与Pur46-MAD株的ORF1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.8%和99.0%,与其他冠状病毒如FIPV、PEDV、HCV299E及SARS氨基酸同源性分别为88%、57%、57%和45%。不同冠状病毒比较结果显示,聚合酶蛋白基因中RdRp、Hel、UP2、UP3蛋白基因较为保守。序列分析发现TS株在ORF1a和ORF1b重叠区有核糖体剪切位点UUUAAAC,且相应区域RNA二级结构形成3个茎环结构。3.TS株ORF3和ORF7长分别为1487 bp和516bp,ORF3与CHV(Miller)株、Puedue株核苷酸序列同源性分别为99.3%、97.9%,相应的ORF3a氨基酸同源性分别为97.3%、87.8%,ORF3b氨基酸的同源性分别为98.4%、96.3%。TS株ORF7没有发生碱基缺失,其与CHV株、Puedue株ORF7核苷酸序列同源性分别为100%、96.2%,。研究结果表明非结构蛋白高变区在ORF3a第192个碱基至终止密码子之间。结果显示TGEV和PRCV在编码ORF3b氨基酸的数量和RNA酶结合位点上有差异。4.TGEV TS株5’和3’非编码区分别为319 bp和280 bp,5’非编码区端第117～129核苷酸推导4个氨基酸,组成小的阅读框。TS株5’和3’非编码区与其他毒株相比有很高的保守性,且有复杂的二级结构。5.非结构蛋白同源性比较显示TGEV TS株与美国强毒株Miller株关系最为密切,由此推测TS株可能由Miller株演化而来。