基于GEO数据库胃癌潜在生物标志物的筛选和鉴定的生物信息学分析

来源 :南方医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sohdengmang
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:胃癌患者在我国恶性肿瘤发病率呈明显上升趋势,且晚期胃癌的治疗效果较差。在胃癌的筛查中,经济、方便、无侵袭性的常规血清肿瘤标志物(如CEA、CA19-9、CA72-4)的检测由于特异性和敏感性较差,不能满足早期胃癌诊断的需求。因此,本课题通过生物信息分析学分析胃癌患者和健康人群的关键差异基因并分析其相关机制,为胃癌的诊断寻找新的生物标记物。方法:1.通过GEO数据库下载数据集GSE54129、GSE79973和GSE103236,并利用其官方在线工具GEO2R进行差异基因的筛选,并通过韦恩图进行三个数据集的差异基因取交集。将得到的差异基因通过DAVID的网站进行功能富集分析,并利用STRING数据库构建蛋白互作网络关系图。将分析出的结果导入Cytoscope软件进行分析,利用DAVID插件把结果可视化。并且通过MCODE和cytoHubba等插件进一步筛选hub基因。通过Kaplan-Meier plotter数据库以及GEPIA数据库进一步验证hub基因的生存分析及表达差异,最终确定重点讨论COL18A1基因,通过Target Scan 7.2在线数据库预测了可能与COL18A1相互作用的miR-9-5p。结果:1.通过GEO数据库以及韦恩图取交集一共筛选出86个胃癌差异基因,其中包括83个上调基因以及3个下调基因。其生物学过程(biological process,BP)分析中主要与胶原纤维组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织、细胞迁移的调节。在细胞组成中(cellularcomponent,CC)中,差异基因富集于胶原、溶酶体、细胞外基质。在分子功能分析(Molecular Function,MF)中,差异基因主要富集于磷脂酰胆碱-甾醇o-酰基转移酶激活物活性、细胞外基质结构成分、脂蛋白粒子绑定、细胞外基质结构成分。分子功能分析中富集最多的是细胞外基质(Extracellular matrix ECM)相关的分子功能,ECM是胃癌发生和转移的重要基础,由此可见,从基因层面调控ECM的改变,可能会是治疗胃癌发展和转移的重要途径此外,KEGG通路分析结果显示,差异基因在收集管道胃酸分泌物、Hippo信号通路、胆固醇代谢、蛋白质消化吸收中显著富集通过构建蛋白互作网络(PPI,Protein-Protein Interaction Networks)并且利用Cytoscape 软件分析得到 10 个 hub 基因 COLIA1、BGN、COL5A2、THBS2、BGN、COL5A2、TIMP1、LOX、SPARC、COL18A1、SPP1、APOE。3.通过Kaplan-Meier plotter数据库以及GEPIA数据库对hub基因验证其生存分析以及表达差异,得出8个在表达差异和提示预后均有意义的hub基因。重点探讨COL18A1基因,通过Target Scan 7.2在线数据库预测了可以与COL18A1相互作用的miR-9-5p。并且基于OncomiR数据库分析胃癌组织和正常组织中的miR-9-5p表达水平,并探讨其与肿瘤分期、分级及预后的关系。结论:COL1A1、BGN、COL5A2、THBS2、BGN、COL5A2、TIMP1、LOX、SPARC、COL18A1、SPP1、APOE等10个hub基因均在胃癌中高表达,可以成为潜在的胃癌生物标记物,且COL18A1与其调控的miR-9-5p与胃癌的作用机制十分紧密。这为寻找胃癌诊断和预后的新的生物标志物提供新的可能,但需进一步的基础研究证实。
其他文献
本文以教育督导为目标,设计教育督导评估指标体系,并根据指标体系建设实施办法。在产生原因、体系构建、实施办法等方面加以研究,明确党的领导和社会主义办学方向,依法办学。加强领导班子建设、课程思政建设、师资队伍建设、加强实践能力,提高办学特色,贯彻新发展理念。充分利用教育督导制度,通过以评促建,提高办学质量。
期刊
研究背景颅内深部手术在神经外科领域是一项重大技术挑战。术中不仅要充分显露病灶,还要在切除病灶时尽量避免对周围脑组织造成医源性损伤。如何提高颅内深部病变的手术效果一直是神经外科领域的研究热点。目前各种类型的颅内牵开器逐渐应用于颅内深部手术中,球囊扩张牵开技术作为一种新型颅内牵开器,其设计基于管状牵开器,增加的球囊旨在扩张手术通道过程中增加对周围脑白质纤维束的保护。弥散张量成像(diffusion t
学位
目的1.比较荧光腔镜下单用亚甲蓝染料(methylene blue dye,MBD)、吲哚菁绿(indocyanine green,ICG)以及两者联合应用,三种非特异性示踪方法的前哨淋巴结(sentinel lymph node,SLN)及转移性SLN的检出情况,探索一种检出率和识别转移性SLN准确性高的乳腺癌腔镜下前哨淋巴结活检术(sentinel lymph node biopsy,SLNB
学位
背景:目前比较广泛认可的肝癌诊治手段中,手术切除是肝脏恶性肿瘤患者的第一选择。术前充分了解肝脏解剖结构是肝切除术成功的关键。传统的常规入路右半肝切除术具有手术中出血过多、肿瘤破裂几率较大的风险,而前入路右半肝切除术则具有减轻对肿瘤挤压、血道播散等方面优势。另外,在手术中大出血也是影响手术成功率的关键原因,Habib 4X在肝切除术中的止血效果已得到广泛的验证。目的:通过研究尸肝标本,掌握肝脏解剖结
学位
巴基斯坦斯瓦特祖母绿矿床是近年来世界上高品质祖母绿的重要产区,该矿床研究时间跨度长,数据充分,成果丰富,但是缺少从宝石学、流体包裹体以及多种谱学角度的研究。本文使用红外光谱、紫外-可见光吸收光谱、拉曼光谱、电子探针等现代测试方法对巴基斯坦斯瓦特祖母绿的宝石学与矿物学性质进行了系统研究。巴基斯坦斯瓦特祖母绿颜色为翠绿色,晶型大多完好,但颗粒较小。伴生脉石主要由石英、滑石与菱镁矿组成。相对密度2.71
学位
研究目的本研究的目的是探讨系统性炎症相关指标对乳腺癌的诊断效能,系统性炎症相关指标和乳腺癌临床病理特征的关系,以及系统性炎症相关指标和常见乳腺良性疾病的关系。材料与方法本回顾性研究采用连续入组的方法,选取2018年12月至2020年7月住院的乳腺癌患者100例,同期随机选取乳腺良性病变患者(乳腺良性病变组)和健康女性(健康对照组)各100例。我们使用Sysmex XN-9000全自动血细胞分析仪检
学位
目的比较腹膜透析相关腹膜炎(PDAP)患者与腹膜透析(PD)非腹膜炎患者的肠道微生物结构和功能的差异。分析难治性PDAP患者与非难治性PDAP患者、腹透液病原学培养为革兰氏阳性菌的PDAP患者(G+PDAP)与腹透液病原学培养为革兰氏阴性菌的PDAP患者(G-PDAP)肠道微生物结构和功能的特点。探索PDAP的病原体与肠道微生物之间的相关性,为进一步探讨腹膜透析患者肠道菌群与PDAP之间的关系奠定
学位
背景及目的:血尿酸,被证实与糖尿病肾病(Diabetic nephropathy,DN)相关,而同样作为糖尿病常见微血管并发症的糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR),两者之间的关系一直未有明确定论。本研究目的是探讨2型糖尿病患者血尿酸水平与糖尿病视网膜病变的相关性。方法:本研究选取2018年12月至2019年12月于深圳市宝安区人民医院内分泌科住院且年龄≥18岁的2型
学位
研究背景:糖尿病是目前全球最常见的慢性病之一。2型糖尿病(Type 2 diabetes,T2DM)已被证实与新发心律失常、缺血性心肌病及心力衰竭密切相关,是以上心血管病发生的独立危险因素。心房颤动(Atrial fibrillation,AF)是目前发病率较高的一种心律失常,易导致脑梗塞的发生。研究发现糖尿病患者发生AF风险明显增加,与糖化血红蛋白水平呈正相关。其次,与非糖尿病患者相比,患糖尿病
学位
目的当今,关于血清尿酸(serum uric acid,SUA)水平与心血管疾病(cardiovascular diseases,CVD)事件之间关系的研究,大多数是围绕腹膜透析(peritoneal dialysis,PD)患者的基线血清尿酸水平(baseline serum uric acid level,BUA)展开的,而基于时间平均血清尿酸水平(time-averaged serum ur
学位