玉米(Zea mays L.)作为我国第一大粮饲作物,在国民经济发展和国家粮食安全方面具有重要作用。为此开展玉米产量相关性状的遗传研究以及全基因组选择对加快育种进程和保障农业生产具有重要意义。全基因组选择作为富有前景的分子育种策略已经广泛地应用于植物育种中,其具有提高遗传增益、降低育种周期和成本的优势。本研究利用4个试验群体针对产量性状和茎秆强度进行全基因组选择研究,分析性状相关位点、非加性效应和多变量模型等因素对预测准确度的影响,研究结果可以为实际育种工作提供一定的参考建议。1、通过与随机选择标记获得的预测准确度相比,当500至1000个性状相关标记应用于全基因组选择时,预测准确度即可达到最大值。如果对包含大量杂合基因型的群体或者低遗传率性状进行全基因组选择,在模型中考虑非加性效应和性状相关位点可以显著地提高预测准确度。此外,当考虑群体结构信息时,基于性状相关位点的统计模型能够小幅度地提高预测准确度。2、通过对两个重组自交系群体7个时期的茎秆穿刺强度开展连锁分析和全基因组选择研究,研究结果表明吐丝期及吐丝后时期可以作为茎秆强度测定的最佳时期。应用连锁分析,各重组自交系群体中分别检测到66和45个QTL位点。通过查找玉米基因组数据库发现候选基因主要与细胞壁组分的生物合成相关。通过GO富集和KEGG分析进一步发现,检测到的候选基因主要参与细胞壁形成过程。此外,相比于单变量模型和固定效应模型,多变量模型可以有效地提高全基因组选择预测准确度。