具备社会公益和经济盈利双重属性是民营科技企业孵化器的显著特征,“官助民办”科技企业型孵化器试图通过“官助”把社会公益性的目标与“民办”的经济盈利目标有机结合,但在二者的结合过程中政府行为与企业行为、非营利性与可以盈利、准公共机构与市场化、事业单位与企业化、企业化与非营利化之间的冲突也不断显现,孵化器的盈利模式直接决定“官助民办”科技型企业孵化器的可持续性。本文通过对国内外企业孵化器的发展及盈利模式的对比分析,揭示了旅顺民营科技创业中心存在的中心入不敷出、对政府资金的依赖,政府资金用途并没有专款专用、对政府资金监管难,经济效益差、导致民办热情降低,入驻企业选择难等问题；剖析了问题的形成的原因：地方政府对创业中心的发展前景不乐观,“官助”的渠道单一,收益低、见效慢影响“民办”热情,部分企业“入孵”容易、毕业难影响创业中心盈利能力,“民办”企业孵化器的管理团队素质不高导致旅顺民营科技创业中心盈利模式不清晰、盈利能力不足；结合地方实际情况,提出了企业孵化器与风险投资相结合、设立并使用种子基金、建立虚实结合的新型孵化器、提供特色服务等创新型的盈利模式来解决旅顺民营科技创业中心的困境的具体措施。