载脂蛋白C1作为预后和免疫学生物标志物的综合泛癌分析

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研究背景:随着社会发展,肿瘤发病率逐年升高,对准确的预后、预测治疗效果的生物标志物需求增加。研究表明脂质代谢相关基因载脂蛋白C1(APOC1)参与脂质转运、调节炎症和免疫途径,并与肿瘤的发生、转移密切相关。但目前无详细全面的泛癌分析。本研究旨在探讨APOC1基因与肿瘤微环境的关系,并评估APOC1是否可以作为恶性肿瘤的潜在治疗靶点。研究方法:通过UCSC XENA数据库下载基因表达数据,使用R软件对数据进行汇总和整理,然后利用生信分析和网络分析APOC1在多种肿瘤组织、细胞的表达水平。采用单因素COX回归分析APOC1表达与患者生存之间的相关性,采用Kaplan-Meier法比较不同APOC1表达水平与患者生存的关系。然后,使用HPA数据库检测APOC1的蛋白水平。采用ssGESA分析APOC1表达与免疫细胞、免疫评分、基质评分的相关性。使用Spearman方法分析APOC1表达与错配修复基因、免疫检查点基因的相关性。网络数据库分析APOC1表达与肿瘤突变负荷及微卫星不稳定性的关系,最后使用STRING及Cytoscape构建蛋白互作网络,使用R软件获得以APOC1表达值分为高低两组的差异表达基因,并对其进行富集分析及可视化。研究结果:(1)与正常组织相比,APOC1在29种肿瘤组织中呈高表达。APOC1仅与部分肿瘤病理分期具有相关性。此外,APOC1低表达患者总生存期和无进展生存期均较高表达组延长。使用HPA数据库验证APOC1蛋白水平在多种肿瘤组织中较正常组织表达更高。(2)APOC1表达与B细胞、CD8+T细胞、树突状细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞、调节性T细胞在8种肿瘤中呈均正相关;APOC1与免疫评分、基质评分及ESTIMATE评分等23种肿瘤中均呈正相关;APOC1与临床可用或潜在可用的40个免疫检查点在14个肿瘤中多呈正相关,在7种肿瘤中,与错配修复基因呈负相关;而在结肠癌与前列腺癌之中,APOC1与肿瘤突变负荷及微卫星不稳定均呈正相关。(3)根据APOC1表达值分组的差异表达基因在食管癌中进行GO和KEGG富集分析,发现主要富集在T细胞活化、淋巴细胞活化等免疫相关功能或通路。研究结论:APOC1作为脂质代谢相关基因,在肿瘤免疫中发挥重要作用。系统而全面的泛癌分析不仅揭示了 APOC1在大多数肿瘤中是一种有前途的肿瘤预测生物标记物,而且表明APOC1可能是一个潜在的抗肿瘤治疗靶点。
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