啮齿动物在维系生物群落的结构和功能、生态系统物质能量流动和物种多样性等方面,起着极其重要的作用。近年来,啮齿动物对不同栖息地造成的危害日益严峻。黑线仓鼠作为中国北方平原农田的主要害鼠,其高繁殖力和对农区危害之大,已经引起人们越来越多的关注。促卵泡素β亚基基因(FSHβ基因)是与动物繁殖性状相关的基因。本研究根据GenBank数据库中同源物种的FSHβ基因设计引物,PCR法首次在山东黑线仓鼠中克隆出FSHβ基因1 198bp,随后又在沂南、临朐和曲阜三个地理种群各30个黑线仓鼠个体中进行扩增和序列测定,结果发现13个SNPs,4个插入/缺失位点,转换/颠换为8,共定义了13种单倍型,在GenBank注册序列号为:FJ882151～FJ882163。实验获得的黑线仓鼠FSHβ基因mRNA序列与其它20个物种的相应序列进行比对,在核苷酸(78%～100%)水平和氨基酸(75%～100%)水平上有较高同源性。用DnaSPv4.10软件分别计算三个地理种群黑线仓鼠FSHβ基因核苷酸多样性(π)、单倍型多样性(Hd)、单倍型数目(H)、多态位点数(S)、平均核苷酸差异数(K)和基于分离位点数目的多样性(θ_w),发现遗传多样性水平具有沂南种群＞曲阜种群＞临胸种群的特点。三个地理种群间的种群间遗传分化系数(Fst)、基因流(Nm)和种群间的核苷酸歧异度(Dxy)显示沂南、临朐和曲阜三地黑线仓鼠FSHβ基因具有一定遗传分化,但不显著;种群间遗传分化系数(Gst)显示,有95%～99%的遗传变异存在于种群内部。用MEGA4.0软件对三个地理种群90个黑线仓鼠个体做NJ系统进化分析,90个个体相互交织,证明三个地理种群黑线仓鼠遗传分化不明显。本研究发现山东地区黑线仓鼠FSHβ基因存在丰富的核苷酸多样性和单倍型多样性,FSHβ基因是否为控制黑线仓鼠繁殖力的主效基因需要进一步研究。为了进一步补充黑线仓鼠的有关分子标记,本研究还用构建基因组文库法筛选出黑线仓鼠筛选高变异SSR座位18个,在GenBank注册序列号为:EF543177～EF543190、EF489000、EF489001。其中完美型11个,占61.1%;非完美型4个,占22.2%;复合型3个,占16.7%。利用BLAST序列分析软件对GenBank数据库进行检索,没找到同源性一致的相应SSR序列,说明本研究得到的18个黑线仓鼠SSR序列是首次发现,进一步丰富了黑线仓鼠的分子标记。