论文部分内容阅读
目的
探讨自体组织参照类型对肝细胞癌全外显子测序的体细胞突变分析结果影响。
方法The Cancer Genome Atlas（TCGA）数据库下载364例肝细胞癌患者数据，R软件（version 3.4.1）进行整理和初步统计，初步汇总每例患者的SNV总数量、不同体细胞突变方式和类型下的SNV数量、以及体细胞突变所致不同生物学作用类型和效应类型下的SNV数量，广义线性模型（GLM）分析自体参照类型对体细胞突变结果的影响。
结果以自体外周血、癌旁正常组织作为参照，肝细胞癌癌组织体细胞突变中位数为122.50、99.00个，其分布差异具有统计意义（Z=-3.149，P=0.002）。广义线性模型调整年龄、性别、种系、病理分级、BMI影响后，对比癌旁正常组织，以外周血作为参照显著增加了3′UTR突变（β=0.373，P=0.002）、5′Flank突变（β=0.477，P=0.017）、5′UTR突变（β=0.482，P<0.001）、移码缺失（β=0.344，P=0.008）、框内插入（β=0.288，P=0.016）、内含子突变（β=0.390，P=0.001）、错义突变（β=0.332，P=0.002）、沉默突变（β=0.282，P=0.009）和剪切区突变（β=0.861，P=0.001）频率；另外显著增加体细胞突变在蛋白编码影响高（β=0.269，P=0.014）、蛋白编码影响中（β=0.328，P=0.002）、蛋白编码影响低（β=0.305，P=0.005）、非编码RNA调控（β=0.404，P<0.001）等效应的分布频率。
结论不同类型正常组织肿瘤相关体细胞突变分布存在显著差异，其作为自体参照类型影响肝细胞癌体细胞突变分析结果。