本文通过借鉴企业绩效评价理论，并在总结分析前人对高校科研项目绩效评价研究成果的基础上，对高校进行了实地调研，针对高校科研项目的特点，进行高校科研项目绩效的分析。评价指标体系的建立是进行科研项目绩效评价的主要基础，本作者以科研项目绩效的评估阶段作为切入点，通过大量的文献分析和理解的基础上，结合专家咨询法，归纳出绩效评价指标在设置上的共性，充分使设置的指标既能吸收前人的研究成果又能充分反映科研项目绩效，力求设计一套能反映科研项目成本与效益的评价指标体系，并对各细分指标进行分析说明。然后给出各细化指标的评判标准，利用层次分析法确定指标权重，运用模糊数学理论，建立高校科研项目绩效的模糊综合评价模型。此模型建立的创新点在于：一是借鉴了企业绩效评价理论，二是把取得的科研资金不作为绩效点，而是看作成本分析，三是把科研人员外部条件的提升作为科研项目绩效。