目的:本研究从凝聚着古人疫病防治智慧的中医古籍出发,运用数据挖掘方法探索其中蕴含着的医家们的学术思想,以期为新冠疫情预防与治疗、新方发现提供参考,并为构建突发公共卫生事件中医药应急科研体系提供思路。方法:收集温病四大家叶天士、薛雪、吴鞠通与王士雄四人的代表著作《临证指南医案》、《薛雪医案》、《吴鞠通医案》与《随息居重订霍乱论》中治疗疫病的方剂,构建了温病四大家疫病治疗用药数据库。并在R语言（4.0.3）、IBM SPSS statistics 22、Neo4j中,采用关联规则、因子分析、聚类分析等方法,探析温病四大家疫病治疗的学术思想。基于数据挖掘结果,结合我国突发公共卫生事件应急管理体系的发展与现状,尝试构建了突发公共卫生事件中医药应急科研体系。结果:4本著作中共筛选得到779首方剂,涉及369味中药,总用药频次5949次。其中,《临证指南医案》中使用最高的前五味中药为人参、茯苓、甘草、黄芩、生姜。《薛雪医案》中使用频次最高的前五味中药为厚朴、陈皮、白术、桂枝、当归。《吴鞠通医案》中使用频次最高的前五味中药为地黄、麦冬、连翘、金银花、黄芩。《随息居重订霍乱论》中使用频次最高的前五味中药为甘草、人参、半夏、麝香、茯苓。叶天士疫病治疗的高频药物以温性与苦性药物为主,多归于脾经;《吴鞠通医案》中的高频药物以苦寒药为主,药味以苦味、淡味居多,归经则多归于脾经与肺经,药物功效以清热、补虚为主。薛雪疫病治疗的高频药物以温性与平性药物为主,药味多甘、苦,归经多为脾、肺,药物功效以补气、化湿为主。吴鞠通疫病治疗用药以寒性药物为主,药味多为苦、甘,归经多为肺经、心经,药物功效多为清热药。王士雄疫病治疗用药以温性与寒性药物为主,药味大多为甘、苦、辛,归经多为脾经、肺经与胃经。本研究以知识图谱分析挖掘了温病四大家高频用药、用药性味归经、功效与核心组方。以关联规则分析挖掘到温病四大家疫病治疗的关联规则共计1271条。以因子分析与聚类分析形成了温病四大家疫病治疗的类聚方。结论:本研究通过R语言、SPSS、Neo4j,运用关联规则、因子分析、聚类分析等数据挖掘方法探析温病四大家代表著作中治疗疫病的学术思想。研究可以为新冠疫情预防、治疗与新方发现提供参考。结合我国现行突发公共卫生事件应急管理体系与既往学者的研究,本研究尝试构建了突发公共卫生事件中医药应急科研体系的概念模型、体系与运行机制。